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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha : |
25/09/2016 |
Actualizado : |
09/10/2019 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Autor : |
ARRUABARRENA, A.; BENITEZ-GALEANO, M.J.; GIAMBIASI, M.; BERTALMIO, A.; COLINA, R.; HERNÁNDEZ-RODRÍGUEZ, L. |
Afiliación : |
ANA ARRUABARRENA PASCOVICH, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; MARÍA JOSÉ BENÍTEZ-GALEANO, Laboratorio de Virología Molecular, Centro Universitario Regional Noroeste (CENUR Noroeste), Universidad de la República; MARIO ALEJANDRO GIAMBIASI RODRIGUEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; ANA MARIA BERTALMIO CASARIEGO, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; RODNEY COLINA, Laboratorio de Virología Molecular, Centro Universitario Regional Noroeste (CENUR Noroeste), Universidad de la República; LESTER HERNÁNDEZ-RODRÍGUEZ, Instituto de Investigaciones en Fruticultura Tropical, La Habana, Cuba. |
Título : |
Application of a simple and affordable protocol for isolating plant total nucleic acids for RNA and DNA virus detection. |
Fecha de publicación : |
2016 |
Fuente / Imprenta : |
Journal of Virological Methods, 2016, v.237, p. 14-17. |
DOI : |
10.1016/j.jviromet.2016.08.011 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: Received 30 May 2016 / Received in revised form 26 July 2016 / Accepted 14 August 2016 / Available online 16 August 2016. |
Contenido : |
ABSTRACT.
Standard molecular methods for plant virus diagnosis require the purification of RNA or DNA extracts from a large number of samples, with sufficient concentration and quality for their use in PCR, RT-PCR, or qPCR analysis. Most methods are laborious and use either hazardous and/or costly chemicals.Apreviously published protocol for RNA isolation from several plant species yields high amounts of good quality RNADNA mixture in a simple, safe and inexpensive manner. In the present work, this method was tested to obtain RNA-DNA extracts from leaves of tomato, potato and three species of citrus, and was compared with two commercial kits. The results demonstrated that this protocol offers at least comparable nucleic
acid quality, quantity and purity to those provided by commercial phenol-based or spin column systems and that are suitable to be used in PCR, RT-PCR and qPCR for virus and viroid detection. Because of its easy implementation and the use of safe and inexpensive reagents, it can be easily implemented to work in plant virus and viroid detection in different plant species.
© 2016 Elsevier B.V. All rights reserved |
Palabras claves : |
DNA; PCR; PLANT VIROID; PLANT VIRUS; PURIFICATION; RNA; RT-PCR. |
Thesagro : |
CITRUS. |
Asunto categoría : |
-- |
Marc : |
LEADER 02137naa a2200301 a 4500 001 1055729 005 2019-10-09 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1016/j.jviromet.2016.08.011$2DOI 100 1 $aARRUABARRENA, A. 245 $aApplication of a simple and affordable protocol for isolating plant total nucleic acids for RNA and DNA virus detection.$h[electronic resource] 260 $c2016 500 $aArticle history: Received 30 May 2016 / Received in revised form 26 July 2016 / Accepted 14 August 2016 / Available online 16 August 2016. 520 $aABSTRACT. Standard molecular methods for plant virus diagnosis require the purification of RNA or DNA extracts from a large number of samples, with sufficient concentration and quality for their use in PCR, RT-PCR, or qPCR analysis. Most methods are laborious and use either hazardous and/or costly chemicals.Apreviously published protocol for RNA isolation from several plant species yields high amounts of good quality RNADNA mixture in a simple, safe and inexpensive manner. In the present work, this method was tested to obtain RNA-DNA extracts from leaves of tomato, potato and three species of citrus, and was compared with two commercial kits. The results demonstrated that this protocol offers at least comparable nucleic acid quality, quantity and purity to those provided by commercial phenol-based or spin column systems and that are suitable to be used in PCR, RT-PCR and qPCR for virus and viroid detection. Because of its easy implementation and the use of safe and inexpensive reagents, it can be easily implemented to work in plant virus and viroid detection in different plant species. © 2016 Elsevier B.V. All rights reserved 650 $aCITRUS 653 $aDNA 653 $aPCR 653 $aPLANT VIROID 653 $aPLANT VIRUS 653 $aPURIFICATION 653 $aRNA 653 $aRT-PCR 700 1 $aBENITEZ-GALEANO, M.J. 700 1 $aGIAMBIASI, M. 700 1 $aBERTALMIO, A. 700 1 $aCOLINA, R. 700 1 $aHERNÁNDEZ-RODRÍGUEZ, L. 773 $tJournal of Virological Methods, 2016$gv.237, p. 14-17.
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Registros recuperados : 40 | |
1. | | FERNÁNDEZ ,S.; FRAGA, M.; CASTELLS, M.; COLINA, R.; ZUNINO,P. Effect of the administration of Lactobacillus spp. strains on neonatal diarrhoea, immune parameters and pathogen abundance in pre-weaned calves. Beneficial Microbes, 1 September 2020, Volume 11, Issue 5, Pages 477-488. Doi: https://doi.org/10.3920/BM2019.0167Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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2. | | RUBIO, L.; BERTALMIO, A.; RIVAS, F.; COLINA, R.; BENÍTEZ, M. J.; MAESO, D. Caracterización molecular y biológica de aislamientos de campo de CTV de Uruguay y su potencial en la protección cruzada. In: INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria); Universidad de la República (UdelaR), Facultad de Agronomía. Simposio Nacional, 4. y Congreso Latinoamericano, 1. ?Investigación y Desarrollo Tecnológico en Citrus?, 3-5 noviembre 2014, Montevideo (Uruguay). p. 1-4.Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
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3. | | BENÍTEZ, M. J.; BERTALMIO, A.; RUBIO, L.; RIVAS, F.; MAESO, D.; COLINA, R. Caracterización molecular y filodinámica del virus de la tristeza de los cítricos. In: INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria); Universidad de la República (UdelaR), Facultad de Agronomía. Simposio Nacional, 4. y Congreso Latinoamericano, 1. ?Investigación y Desarrollo Tecnológico en Citrus?, 3-5 noviembre 2014, Montevideo (Uruguay). p. 1-4.Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
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5. | | BOK, M.; VEGA, C.G.; CASTELLS, M.; COLINA, R.; WIGDOROVITZ, A.; PARREÑO, V. Development of an IgY-based treatment to control bovine coronavirus diarrhea in dairy calves. Viruses, 2023, volume 15, issue 3, article 708. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.3390/v15030708 Article history: Received 6 February 2023; Revised 5 March 2023; Accepted 6 March 2023; Published 9 March 2023. -- Academic Editor: Tomomi Takano. -- Correspondence author: Bok, M.; INCUINTA, Virology Institute and Technology Innovations,...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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7. | | CAFFARENA, D.; FRAGA, M.; CASTELLS, M.; COLINA, R.; SCHILD, C.; RIET-CORREA, F.; GIANNITTI, F. Detección de agentes causales de diarrea neonatal bovina en 2 tambos de Colonia, Uruguay. In: Jornadas Uruguayas de Buiatría, 44., 2016, Paysandú, UY.; Gianneechini, E.; Elizondo, V. (Ed.).Paysandú: Centro Médico Veterinario de Paysandú/Sociedad Uruguaya de Buiatría, 2016. p. 153-156.Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
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8. | | BENÍTEZ, M.J.; BERTONI, E.; BERTALMIO, A.; RUBIO, L.; RIVAS, C.; MAESO, D.; COLINA, R. Detección y caracterización de virus y viroides en la Citricultura del Uruguay: aportes sobre el nuevo linaje de CTV en Sudamérica y su repercusión en la protección cruzada. In: INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria); Programa Nacional Producción Citrícola. Resultados de investigación en Citricultura: Genética, Sanidad, Productividad. Salto (Uruguay): INIA, 2015. p. 107-112 (Serie Actividades de Difusión; 752).Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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9. | | RUBIO, L.; HERNÁNDEZ, L.; BENÍTEZ, M. J.; ARRUABARRENA, A.; RIVAS, F.; COLINA, R.; MAESO, D. Biological and molecular characterization of Uruguayan citrus tristeza virus field isolates. Journal of Plant Pathology, 2019, volume 101, Issue 1, pages 97-105. Article history: Received 06 June 2018 // Accepted 29 July 2018 // First Online 13 August 2018 // Published 15 February 2019.
Acknowledgements: This research was funded by Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, Uruguay...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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11. | | DONCEL, B.; CASTELLS, M.; MAYA, L.; FRAGA, M.; UZAL, F.A; COLINA, R.; GIANNITTI, F. Encefalitis asociada a astrovirus bovino neurotrópico, ¿una enfermedad subdiagnosticada en Sudamérica?.[Neurotropic bovine astrovirus-associated encephalitis: An underdiagnosed disease in South America?]. Revista Argentina de Microbiologia, Volume 54, Pages 100-105, 2022. OPEN ACCESS. Doi: https://doi.org/10.1016/j.ram.2021.01.00 Article history: Recibido el 15 de julio de 2020/ Aaceptado el 24 de enero de 2021./Disponible en Internet el 18 junio 2021. Autor para correspondencia: Correo electrónico: fgiannitti@inia.org.uy (F. Giannitti). Este trabajo fue...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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12. | | MAISONNAVE, J.; ROSSI, S.; ACOSTA, D.; HERNÁNDEZ, S.; TERZAGHI, A.; PIGNATARO, G.; COLINA, R. Evaluación de técnicas serológicas para el diagnóstico de la fasciolosis animal In: INIA (INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN AGROPECUARIA); FPTA (FONDO DE PROMOCIÓN DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA). Avances de investigación en sanidad animal. Montevideo (Uruguay): INIA, 2000. p. 39-51 (Serie FPTA-INIA ; 01) Proyecto FPTA 25. Período de ejecución: Oct.,1991-May.,1995Tipo: Capítulo en Libro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): INIA La Estanzuela; INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó. |
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13. | | BENÍTEZ-GALEANO, M.J.; RUBIO, L.; BERTALMIO, A.; MAESO, D.; RIVAS, F.; COLINA, R. Phylogenetic studies of the three RNA silencing suppressor genes of south american ctv isolates reveal the circulation of a novel genetic lineage. Viruses, 2015, v.7, no.7, p.4152-4168. OPEN ACCESS. Article history: Received: 26 May 2015 / Accepted: 17 July 2015 / Published: 22 July 2015.Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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14. | | MAYA, L.; PUENTES. R.; RIET-CORREA, F.; GIANNITTI, F.; RIVERO, R.; GINNNEECHINI, E.; FURTADO FLORES, E.; COLINA, R. Caracterización genética del virus de la diarrea viral bovina en Uruguay. In: Jornadas Uruguayas de Buiatría, 46., 2018, Paysandú, Uy., Matto, C.; Delpiazzo, R.(Ed.). Trabajos presentados. Paysandú: Centro Médico Veterinario de Paysandú/Sociedad Uruguaya de Buiatría, 2018. p. 183-185.Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
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15. | | MAESO, D.; RUBIO, L.; BENÍTEZ-GALEANO, M.J.; HERNÁNDEZ, L.; BERTALMIO, A.; ARRUABARRENA, A.; RIVAS, F.; COLINA, R. Aportes al conocimiento de Citrus tristeza virus en Uruguay. [resumen] In: INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria); INIA Las Brujas; Biotecnología. Jornada de Agrobiotecnología, XI. Encuentro Nacional de REDBIO, III. Jornada técnica. Las Brujas, Canelones (UY): INIA, 2018. p. 12 (Serie Actividades de Difusión; 786)Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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16. | | CASTELLS, M.; CAFFARENA, D.; CASAUX, L.; SCHILD, C.; GIANNITTI, F.; MIÑO, S.; RIET-CORREA, F.; PARREÑO, V.; COLINA, R. Determinación de la prevalencia y variabilidad genética de rotavirus: coronavirus, torovirus, norovirus y astrovirus. In: Jornadas Uruguayas de Buiatría, 46., 2018, Paysandú, Uy., Matto, C.; Delpiazzo, R.(Ed.). Trabajos presentados. Paysandú: Centro Médico Veterinario de Paysandú/Sociedad Uruguaya de Buiatría, 2018. p. 230-233.Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
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17. | | CASTELLS, M.; SCHILD, C.; CAFFARENA, D.; GIANNITTI, F.; FRAGA, M.; RIET-CORREA, F.; VICTORIA, M.; COLINA, R. Drinking water: a potential vehicle for rotavirus transmission in neonate calves. In: LATIN AMERICAN SYMPOSIUM OF ENVIRONMENTAL VIROLOGY, 3a.,Salta, Argentina, 2016.Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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18. | | GIANNITTI, F.; CAFFARENA, D.; PESAVENTO, P.; UZAL, F.A.; MAYA, L.; FRAGA, M.; COLINA, R.; CASTELLS, M. The first case of bovine astrovirus-associated encephalitis in the southern hemisphere (Uruguay), uncovers evidence of viral introduction to the Americas from Europe. Frontiers in Microbiology, volumen 10, Article 1240, 04 June 2019. [OPEN ACCESS].Doi: https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01240 Article history: Received: 22 March 2019//Accepted: 17 May 2019//Published: 04 June 2019. This work was funded by Grants PL-015 N-15156 from INIA and 158 from the ?Programa de Iniciación a la Investigación 2017? from ?Comisión Sectorial...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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19. | | HERNÁNDEZ-RODRÍGUEZ, L.; BERTALMIO, A.; ARRUABARRENA, A.; RUBIO, L.; RIVAS, F.; BENÍTEZ-GALEANO, M.J.; COLINA, R.; MAESO, D. First Report of the Citrus tristeza virus Trifoliate Resistance-Breaking (RB) Genotype in "Newhall" Sweet Orange in South America Plant Disease, 2017, v.101 (6), p.1063. (Abstract) DISEASE NOTES: Posted online on 30 Mar 2017.Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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20. | | RUBIO, L.; HERNÁNDEZ, L.; BERTALMIO, A.; ARRUABARRENA, A.; RIVAS, F.; BENÍTEZ, M.J.; COLINA, R.; MAESO, D. Obtención de aislados de Citrus tristeza virus promisorios para protección cruzada en cítricos. [o4]. Bloque 1: Detección y caracterización de plagas y enfermedades. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología Jornada Uruguaya de Fitopatología, 4., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 2., 1° setiembre, 2017, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2017. p. 15Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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